Während der Bündner Wirren im Zusammenhang mit dem 30jährigen Krieg mischten sich die ausländischen Kriegsparteien in die Bündner Politik ein. Sie konkurrierten um Passübergänge und das bünderische Untertanenland Veltlin. Bereits bestehende Rivalitäten zwischen den führenden Bündner Familien weiteten sich aus zu politischen Lagern. Chur als Vorort des Gotteshausbundes blieb von diesen Auseinandersetzungen nicht verschont. So mussten die Churer die Einquartierung fremder Truppen - zuerst spanisch-österreichischer, dann französischer - erdulden. Auch hatte die Stadt schwer an den Kriegsschulden zu tragen. 1639 wurde hier, im Wirtshaus "Zum staubiga Hüatli" (s. Sehenswürdigkeiten: Altes Gebäu), Jörg Jenatsch ermordet. Der Militär und Politiker hatte mal gegen die eine, mal gegen die andere Seite gekämpft und intrigiert.