Die Reformation begann mit Martin Luther (1483–1546),der 1517 seine 95 Thesen gegen den Ablasshandel an die Tür der Schlosskirche in Wittenberg schlug. Die Bewegung erfasste rasch die Schweiz, wo vor allem die Theologen Huldrych Zwingli (1484–1531) in Zürich und Jean Calvin (1509–1564) in Genf Bedeutung erlangten. Es ging den Reformatoren um eine weitgehende Erneuerung der Kirche und die Abschaffung von Missständen. Die Reformation bedeutete den Aufbruch in eine neue Epoche, führte aber zur Entstehung mehrerer Konfessionen.
Chur gehört zu den „Reformationsstädten Europas“, die in der Geschichte besondere Bedeutung hatten. Die Stadt war schon über 1000 Jahre Sitz eines (katholischen) Bistums, als sie sich unter Führung von Johannes Comander(ca. 1485–1557) für eine andere Konfession und Kirchenorganisation entschied. Die Reformation hatte weitreichende Folgen, welche Chur über Jahrhunderte prägten. Trotz der Dominanz des reformierten Bekenntnisses lebten immer Katholiken in der Stadt. Erst im 19. und 20. Jahrhundert verloren die konfessionellen Gegensätze in diesem Miteinander an Bedeutung.